胃内視鏡検査は胃がんの早期発見のほか、食道がん、逆流性食道炎、胃炎、胃・十二指腸潰瘍などの様々な病気を診断することができます。口や鼻から内視鏡を挿入し、上部消化管（食道・胃・十二指腸）を直接観察できるため、バリウム検査に比べて微小な病変の発見に優れています。検査中に組織の採取ができるため、病理検査による確定診断やピロリ菌感染の有無を調べることも可能で、止血やアニサキスの摘出といった処置もできます。

肛門から内視鏡を挿入し、直腸から盲腸までの全大腸を観察して、炎症、大腸ポリープ、大腸がんの有無などを診断することができます。大腸がんの発症には加齢、飲酒、喫煙、食の欧米化、運動不足といった生活習慣が大きく関わっているとされていますが、ほとんどは良性の大腸ポリープから発生します。そのため、良性のポリープの時点で切除することが大腸がんの予防につながります。